こんにちは、加藤です。
デプロイメント記述子の上書きについて調査しました。

EAP6.1の新機能であるデプロイメントオーバーレイによって、アプリケーションのデプロイメント記述子を上書きすることができます。
実際にファイルを上書きするわけではなく、あくまで指定したファイルを使用するだけになります。
上書き対象ファイルが存在しない場合も、実際にファイルが追加されるわけではなく、指定したファイルを参照する形で使用できます。

設定手順は以下の通りです。
基本的に、コマンドを使用した方が便利だと思います。

デプロイメントオーバーレイの設定
①CLIを使用する場合
/deployment-overlay=myoverlay:add
/deployment-overlay=myoverlay/content=WEB-INF\/web.xml:add(content={url=file:///home/user/web.xml})

②コマンドを使用する場合
deployment-overlay add --name=myoverlay --content=WEB-INF/web.xml=/home/user/web.xml

アプリケーションにデプロイメントオーバーレイをリンク
①CLIを使用する場合
/deployment-overlay=myoverlay/deployment=app.war:add

②コマンドを使用する場合
deployment-overlay link --name=myoverlay --deployments=app.war

アプリケーションの再デプロイ
/deployment=app.war:redeploy
deployment-overlayコマンド使用時は、--redeploy-affectedを指定すると勝手に再デプロイしてくれます

所感
アプリケーションの再ビルドをせずに、web.xmlやjboss-web.xml等を置き換えられるのは便利だと思います。
ただ、デプロイメントオーバーレイに使用したファイルの管理や、モジュールのデプロイ後の設定を考えると、暫定処置として使用するのが良いかもしれません。