こんにちは、加藤です。
EAP6.2から、add-userスクリプトに引数が追加されました。
従来の対話型インターフェースがほぼ必要ないくらい便利になっているので、いくつか紹介します。

概要
EAP6.1までは、デフォルト以外のdomain/standaloneにユーザを追加する場合、
①デフォルトのdomain/standaloneにユーザを追加後、プロパティファイルを置換する
②add-userスクリプト内の変数(-Djboss.domain.config.user.dirなど)を指定する
など、手間がかかる方法を取らざるを得ませんでした。
EAP6.2からは引数を使用することで、1回のコマンド実行でユーザ登録が可能です。

引数について
・-u / -p / -g
それぞれ、ユーザ/パスワード/グループを指定します。

・-a
ApplicationRealmに登録します。この引数が無ければManagementRealmに登録します。

・-dc / -sc
domain/standaloneのconfigurationフォルダを指定します。

・-up / -gp
user/groupのプロパティファイルを指定します。

実行例
「/home/guest/opt/stand1/configuration」以下の「users.properties」「groups.properties」にユーザ登録
EAP_HOME/bin/add-user.sh -u user1 -p password1! -g admin -sc /home/guest/opt/stand1/configuration -up users.properties -gp groups.properties

所感
フォルダ・ファイルが指定できるようになったのが非常に大きいと思います。
対話型インターフェースを使用したい場合は、ファイルやフォルダのみを引数で指定することも可能です。
ただし、外部JBoss ASインスタンスへの認証設定を行う場合、対話型インターフェースでなければ表示されません。
(<secret value="***..."/>をdomain.xml/standalone.xmlに追加)
その点以外は、引数指定の登録方法で良いと思います。